Em 1997, depois de sete anos na base do Santos, Fábio foi emprestado para o São Paulo, onde foi um 1️⃣ dos principais jogadores do time na época.

Em 2000 marcou 12 gols e ajudou o clube a se destacar no Campeonato 1️⃣ Brasileiro, também se sagrando campeão.

Em 2001, além das boas atuações, despertou o interesse do São Paulo.

No Campeonato Paulista, ele foi 1️⃣ artilheiro do Campeonato Paulista (2),

o clube acabou ficando com a terceira posição.