Os dois participaram da conquista do campeonato estadual, e em 2004, em São João del Rey o São João del 🍌 Rey conquistou com uma equipe do estado, na conquista do campeonato.

Em 2005, com o time profissional, o São João del 🍌 Rey alcançou a terceira divisão, mas ficou como último rebaixado na década de 2000.

Em 2006, com o clube profissional, o 🍌 São João del Rey terminou na quinta posição da AFA, e em 2007, em Belo Horizonte foi promovidas à segunda 🍌 divisão, mas foi novamente promovido à segunda divisão em 2009.

Em 2010, na sétima temporada,

o clube disputou pela oitava vez a 🍌 Segunda Divisão, e terminou em último lugar.